Varhanní koncerty „U Křižovníků“ jsou koncipovány jako hodinové ucelené programy, kde vedle skladeb světoznámých mistrů období baroka a klasicismu zaznívá pravidelně i hudba českých autorů. Posluchačsky přístupná, avšak umělecky hodnotná dramaturgie střídá již tak bohatý zvuk varhan a kombinace jejich spojení se sólovými nástroji či zpěvu, takže posluchač je neustále překvapován novými barvami a zvukovými variacemi. Na koncertech účinkují zpravidla tři umělci – sólisté našich předních operních scén a orchestrálních těles, pedagogové Akademie múzických umění i Pražské konzervatoře.

Již tradičním překvapením pro naše posluchače jsou i uvítací fanfáry v podání dvou trubačů ve stylizovaných kostýmech, hrané na „heroldské trompety“ po dobu 30 minut před začátkem každého koncertu na vstupním schodišti před kostelem sv. Františka.

V kostele sv. Františka se nacházejí unikátní barokní varhany z roku 1702, které jsou druhým nejstarším nástrojem v Praze. Na tento proslulý, dnes navíc citlivě opravený nástroj, zde hrála řada osobností, vedle jiných i W. A. Mozart, A. Dvořák nebo J. F. N. Seger. Varhany jsou umístěny v pravé přední části kostela, je tak zajištěn skvělý akustický i vizuální zážitek.